O Serviço de Secretaria Acadêmica (SECA) é responsável pela Gestão Acadêmica dos Cursos e Programas de Pós-graduação ofertados pelo ILMD/Fiocruz Amazônia. À SECA compete centralizar todo o movimento escolar e administrativo na Instituição, tendo sob sua responsabilidade o Sistema de Gestão Acadêmica – SIGA, o Sistema Integrado de Ensino Fiocruz – SIEF, arquivos, cadastros dos alunos e demais assentamentos fixados pelo Regimento e pela legislação vigentes.