A Fundação Oswaldo Cruz iniciou suas atividades em 25 de maio de 1900, ainda com o nome de Instituto Soroterápico Federal. Em 1966, por meio daLei nº 5.019, de 07 de junho, foi instituída a Fundação Ensino Especializado de Saúde Pública (FENSP), que três anos mais tarde passou a chamar-se Fundação de Recursos Humanos para a Saúde (Decreto nº 90.401, de 1º outubro de 1969).

Em 22 de maio de 1970, por meio do Decreto nº 66.624, com a finalidade de realizar pesquisas científicas nos campos da medicina experimental, da biologia e da patologia; formar e aperfeiçoar pesquisadores em ciências biomédicas, sanitaristas e demais profissionais de saúde; elaborar e fabricar produtos biológicos, profiláticos e medicamentosos, para as atividades da Fundação e do Ministério da Saúde, a Fundação de Recursos Humanos para a Saúde foi transformada em Fundação Instituto Oswaldo Cruz, incorporando, inicialmente o então Instituto Oswaldo Cruz, a Fundação de Recursos Humanos para a Saúde (posteriormente denominada Escola Nacional de Saúde Publica – Ensp) e o Instituto Fernandes Figueira (IFF).  Quatro anos mais tarde, a Fundação passou a denominar-se apenas Fundação Oswaldo Cruz (Decreto nº 74.891).

Após uma longa batalha de toda a comunidade Fiocruz, em 09 de junho de 2003, foi finalmente publicado o Decreto nº 4.725, assinado pelo então presidente Luiz Inácio Lula da Silva, que aprova o Estatuto da Fiocruz.

Com o objetivo de disponilizar medicamentos a baixo custo aos cidadãos, foi instituída, em 2004, pelo Decreto nº 5.090, o programa Farmácia Popular do Brasil, dentro dos termos de universalização do acesso da população aos medicamentos, já previstos na Lei  nº 10.858, de 13 de abril do mesmo ano.

O compromisso da Fiocruz com duas áreas fundamentais da saúde pública brasileira – a saúde da mulher, da criança e do adolescente, e a infectologia – é reforçado com a designação de duas de suas unidades assistenciais como institutos nacionais – órgãos auxiliares do Ministério da Saúde no desenvolvimento, coordenação e avaliação das ações integradas para a saúde. O Instituto Fernandes Figueira (IFF/Fiocruz) e o Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas (Ipec/Fiocruz), tornam-se, respectivamente, Instituto Nacional de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente (Portaria nº 4.159) e Instituto Nacional de Infectologia (Portaria nº 4.160). Cada um em sua especialidade, os institutos têm como objetivos dar suporte no planejamento, organização, coordenação, supervisão e avaliação de planos, programas, projetos e atividades, em âmbito nacional, relacionados à promoção, à prevenção, ao diagnóstico, ao tratamento, à atenção e/ou à vigilância; e gerar e difundir conhecimento para a implantação de políticas e programas de saúde inerentes às suas atividades, baseados no cenário demográfico e epidemiológico e na melhor evidência científica disponível.