Os cursos de especialização Lato Sensu ofertados no ILMD/Fiocruz Amazônia são agrupados em duas categorias: (1) cursos regulares de oferta aberta e; (2) cursos ofertados sob demanda, atendendo o que estabelece o regimento da FIOCRUZ. Ao longo de sua trajetória o Instituto tem ofertado as duas modalidades, porém mais recentemente predominaram os cursos ofertados por demanda de instituições do Sistema Único de Saúde – SUS. Essas ações são altamente convergentes com uma das atribuições do ILMD/Fiocruz Amazônia, que é a de contribuir para o aprimoramento do acesso e qualidade das ações ofertadas no SUS. Também se fez possível a oferta de cursos propostos por trabalhadores do próprio Instituto, financiado com recursos do orçamento da Unidade.

Os cursos ofertados a partir de demanda de outras instituições, em particular aqueles demandados pelo Ministério da Saúde e Secretarias Estaduais e Municipais de Saúde, contam com financiamento externo, mediante contratação de serviços via Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde – FIOTEC. A construção do projeto pedagógico e financeiro dos cursos sob demanda externa, costuma requerer um longo processo de negociação, entre representantes do ILMD/Fiocruz Amazônia e da instituição demandante. Essa negociação se dá tanto em torno das características especificas da clientela e objetivos pedagógicos, quanto da proposta orçamentária e financeira que engloba os custos das atividades. Essa interação é importante para garantir, na medida do possível, as especificidades do demandante de acordo com os marcos legais da formação Lato Sensu. Após a contratação, o processo seletivo é divulgado através de Chamada Pública.

No período compreendido entre 2017-2024 foram ofertados oito cursos de pós-graduação Lato Sensu todos finalizados até o ano de 2023: (1) Saúde Pública, realizado em Manaus e Manacapuru; (2) Vigilância em Saúde na Rede de APS na Tríplice Fronteira do Alto Solimões, realizado em Tabatinga e Tefé; (3) Gestão das Organizações Públicas do SUS realizados nos municípios de Manaus, Itacoatiara e Maués. Esses cursos foram financiados pela Escola de Saúde Pública do município de Manaus, com recursos do ILMD/Fiocruz Amazônia e do Projeto QualificaSUS. Todos os cursos iniciados no ano de 2019, em decorrência da pandemia de COVID-19, tiveram suas aulas suspensas no ano de 2020. A oferta de cursos de especialização do ILMD/Fiocruz Amazônia está intimamente associada às necessidades das instituições integrantes do Sistema Único de Saúde – SUS e dos profissionais envolvidos na atenção à saúde ou ainda, na necessidade de qualificação técnica de profissionais ligados à área de Saúde Coletiva e afins.